Metagenómica de microbiota digestiva en Litopenaeus vannamei: reservorio potencial de patógenos relevantes en salud pública

Abstract

Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETAs) son un gran reto para todos los sistemas de salud del mundo. El camarón es uno de los productos más consumidos en el mundo, y en su microbiota puede albergar microorganismos causantes de ETAs. Cada año, en EE. UU., 48 millones de personas sufren de estas enfermedades, originando 15,600 millones de dólares en pérdidas económicas. A pesar de la importancia de las ETAs en salud pública, son escasos los estudios en microbiota de camarón, consumidos y producidos en Sinaloa. En este proyecto se investigó la diversidad taxonómica y composición de microbiota digestiva en camarón blanco de Sinaloa mediante metagenómica tipo shotgun para generar información sobre posibles microorganismos de importancia en salud pública. Se estudió el intestino y hepatopáncreas de camarones de una granja de Navolato, Sinaloa. La extracción del ADN se realizó por el método de CTAB. La secuenciación se realizó en la plataforma Illumina MiniSeq utilizando el kit Nextera XT DNA Library Preparation Kit y lecturas paired-end y un formato de 2x1. Respecto al análisis bioinformático, se usó el programa Kraken2 para la clasificación taxonómica de las lecturas. Se analizó la diversidad taxonómica con enfoque en los índices de Shanon y de dominancia de Simpson por medio de PAST (v.4.03). Asimismo, se realizaron análisis de PCA, PERMANOVA, ANOSIM y SIMPER. La diversidad en la microbiota digestiva de camarón varió de moderada a alta en cada nivel taxonómico estudiado (Phylum, Clase, Familia, Género y Especie), sin presencia de taxones dominantes. Los taxones con mayor abundancia en cada nivel taxonómico fueron Fungi, Pseudomonadota y Bacillota (Phylum); Ascomycota, Gammaproteobacteria y Aconoidasida (Clase); Saccharomycetales, Plasmodiidae y Bartonellaceae (Familia); Plasmodium, Saccharomycetaceae y Bartonella (Género); Bartonella krasnovii, Saccharomyces spp. y Dictyostelium discoideum (Especie). Se encontraron microorganismos de importancia en salud pública, como Vibrio parahaemolyticus, Klebsiella pneumoniae y Candida spp., entre otros que pudieran representar un riesgo para la salud de personas inmunocomprometidas.