Descripción metagenómica de la comunidad bacteriana en queso fresco sinaloense de producción artesanal

Abstract

Introducción: El queso fresco sinaloense artesanal, arraigado en la gastronomía, cultura y economía local, carece de investigación científica respecto a su microbiota y la relación con calidad y seguridad de estos lácteos. Este estudio se enfoca en este vacío explorando la estructura y diversidad de la comunidad bacteriana. Objetivo: Describir la composición bacteriana presente en el queso fresco sinaloense de producción artesanal utilizando técnicas de metagenómica dirigida y bioinformática. Metodología: Se obtuvieron 30 muestras de 10 comunidades sinaloenses diversas. Con secuenciación V3 ARNr 16S se exploró la comunidad bacteriana. Con herramientas bioinformáticas y estadísticas se abordó asignación taxonómica, detección de patógenos y probióticos, identificación de biomarcadores taxonómicos y predicción funcional. Resultados: La secuenciación masiva reveló 978 OTUs, destacando los filos dominantes Proteobacteria y Firmicutes. La composición varió por clima, urbanización, región y sitio. Biomarcadores revelaron asociación de variables ambientales y geográficas en la comunidad bacteriana. Patógenos y probióticos se identificaron, funciones metabólicas incluyeron síntesis proteica, metabolismo energético y de carbohidratos, con vínculos patogénicos. Conclusiones: Este estudio profundo de la microbiota en el queso fresco Sinaloense Artesanal resalta a Proteobacteria y Firmicutes como claves en su estructura bacteriana, influyendo en su calidad. Presencia de patógenos y probióticos sugiere relevancia en seguridad alimentaria y salud. Consistencia geográfica señala uniformidad valiosa en la microbiota. Patrones climáticos y geográficos indican cómo el ambiente influye. El análisis funcional sugiere implicaciones nutritivas y sensoriales.